Godzilla wpada do krateru Mihara. Jakiś czas później w bliskowchodnim kraju, Sarazji w laboratorium instytutu inżynierii genetycznej wybucha bomba. W tej eksplozji ginie Erika – jedyna córka znanego japońskiego naukowca, dr Shiragami – przechowywane zaś w tym laboratorium komórki ciała Godzilli ulegają zniszczeniu. Po pięciu latach od tych dramatycznych wypadków górą Mihara na wyspie Oshima wstrząsają kolejne wybuchy. Godzilla powraca. Na zlecenie rządu grupa naukowców próbuje stworzyć nieznaną dotychczas, straszliwą broń biologiczną przeciwko potworowi, będącą połączeniem komórek Godzilli oraz komórek róży (ulubionych kwiatów Eriki). Nieco później Biollante pokazuje się w wielkim jeziorze. Okazuje się, że Erika wniknęła w jego ciało.