Japońskie wojsko podejmuje „Projekt T” mający na celu przejęcie kontroli nad Godzillą z pomocą specjalistów od telepatii. Projekt kończy się fiaskiem, tak więc według nowego planu Godzilla ma zostać zlikwidowany przez robota – MOGUERĘ. Pojawia się jednak problem – z kosmosu przybywa KosmoGodzilla, mutant powstały z komórek Godzilli wyniesionych w kosmos przez gigantyczną ćmę Mothrę dwa lata wcześniej. MOGUERA musi podjąć walkę z nowym przeciwnikiem, z którym walczy również Godzilla.