Słynny specjalista w zakresie wirusologii, Jeffrey Tipton (Ernie Hudson), ma wspomóc amerykańskich komandosów z elitarnej jednostki podczas akcji odbicia kapsuł ze śmiercionośnym wirusem z rąk afrykańskich ekstremistów. Nie podoba się to majorowi Langowi (Jeff Fahey), który obwinia naukowca o śmierć brata. Zarówno oficer, jak i Tipton muszą być jednak posłuszni rozkazom zwierzchnika jednostki Delta Force, admirała Henshawa. Akcja filmu „Operacja Delta Force” zaczyna nabierać tempa, kiedy dochodzi do uprowadzenia pociągu pasażerskiego. Aby uwolnić zakładników, komandosi organizują desant na pędzący skład. Rozpoczyna się mordercza walka na śmierć i życie. Przywódca terrorystów, Johan Nash (Joe Lara), zatrzymuje pociąg i wraz ze swymi ludźmi ukrywa się w pobliskiej opuszczonej kopalni.