Scooby-Doo wraz z przyjaciółmi wybiera się w odwiedziny do młodszej siostry Velmy – Madelyn, która studiuje w Magicznej Akademii Whirlena Merlina. Tam jednak natrafiają na kłopoty – okazuje się, że w okolicy pojawił się mitologiczny zwierz pół-smok, pół lew znany bardziej jako gryfon, pustoszący ziemię wokół uczelni. Tajemnicza spółka po raz kolejny postanawia rozwiązać zagadkę.