Akcja rozgrywa się w XIX wieku. Mary Lennox mieszkała z rodzicami w Indiach. Niestety oboje zmarli na dżumę. Wujek Archibald zabiera Mary do Wielkiej Brytanii. Dziewczynka mieszka w ponurej rezydencji swojego wuja. W pobliżu domu jest dziwny ogród, w którym nocą słychać krzyki. Z tym ogrodem wiąże się jakaś tajemnica. Wujek Archibald jest ciągle smutny. Mary spotyka chłopca Deacona, syna ogrodnika. Dzieci wspólnie próbują rozwiązać zagadkę tajemniczego ogrodu i pomóc wujkowi Archibaldowi przezwyciężyć jego smutek.